Кальцит широко поширений у природі.
У мілководних морях або озерах він часто відкладається, утворюючи великі шари вапняку.
Підземні води можуть розчиняти вапняк, а також перетворювати кальцит, наприклад у сталактити, сталагміти та травертин. Ґрунтові води, активні в ґрунті біля рівня грунтових вод, часто утворюють конкреції кальциту, розподілені вздовж певної горизонтальної площини; геологи зазвичай називають це вапняковими конкреціями.
Гідротермальна діяльність часто утворює кальцитові жили, деякі з яких містять мінерали, а деякі ні. Добре{1}}кристали часто зустрічаються в жеодах.
У карбонатах, утворених магматичною діяльністю, кальцит зазвичай становить близько 80%.
Крім того, кальцит також діє як цемент в уламкових осадових породах і як мінерал, що утворюється в результаті зміни основних вивержених порід, сприяючи утворенню різних порід. Через діяльність підземних вод кальцитові жили часто заповнюють тріщини різних порід.
Вапняк, утворений седиментацією, часто піддається регіональному або контактному метаморфізму, під час якого кальцит у ньому перекристалізовується, утворюючи грубіші агрегати кальциту-мармуру.
